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宏基因組測序技術

我院腫瘤基因診斷和生物治療中心自去年四月份引進針對病原體的宏基因組測序技術以來，一直在穩步推進臨床應用工作，目前已經實現可以在收到樣本後48小時內做出檢測結果，最快可在24小時出具檢測報告，及早的幫助醫生做出判斷。

怎樣檢測感染性病原體？

每一次的技術發展，都給醫技人員增加了一件趁手的“兵器”，培養皿和溫箱的組合，讓我們看到了病原體的菌落特徵；顯微鏡和染色劑的組合，讓我們看清了病原體的形態及結構特徵；生化鑑定板條和微生物生化資料庫組合，讓我們可以把致病元兇的面巾揭開，直接鑑定到種。以上這些方法，經過長期的技術發展和經驗積累，已經成為檢驗實驗室最重要的鑑定微生物方法的一部分，此外還有抗體檢測和PCR檢測等方法，並且在人工操作的基礎上發展出了多種自動化檢測技術，通過幾種方法同時操作，鑑定病原體的工作已經能相當準確。

但這樣就足夠了嗎？越早鑑定出致病病原體，就能為臨床醫生更早的提供用藥指導，就能讓患者越早康復。於是，在多學科工程師和科研人員的努力下，應用到微生物鑑定的宏基因組測序技術（mNGS）誕生了。

什麼是宏基因組測序技術？

基因測序經過數十年的發展，測序速度提上去了，成本降下來了，成了可以服務到普通老百姓的技術。

宏基因組測序技術是基因測序技術的一種，基因測序經過數十年的發展，測序速度提上去了，成本降下來了，成了可以服務到普通老百姓的技術。宏基因組測序技術的特點就是測的多又快，透過處理將檢測樣本中的基因打斷成一定長度的片段之後，經過PCR擴增增加病原體基因片段的數量，再把片段捕獲並固定在晶片上，然後同時測出每一條片段的序列，與資料庫對比之後就可以分析出樣本中含有什麼病原體，如果檢測出來屬於某病原體的片段也越多，那麼就表明樣本中含該種病原體的數量越多，這種病原體就極有可能是造成感染的元兇，臨床醫生再結合患者的臨床症狀，就能做出診斷並及早對症治療。

宏基因組測序技術有什麼優勢？

宏基因組測序技術的優勢在於：時效性和靈敏度。

傳統病原體檢測需要培養出菌落，再根據經驗選取可疑菌落進行染色和生化鑑定，最後做出鑑定，這些還必須建立在致病微生物容易培養的基礎上。總的培養時間少則兩三天，多則四五天甚至更長。對於一些培養條件特殊的微生物或者樣本中含量極少的微生物，鑑定時間就要再延長甚至培養不出來。

而宏基因組測序技術的優勢就在於此：時效性和靈敏度，因為是直接對樣本中的病原體基因片段檢測，省去了大量的培養時間，樣本中即使只有少量較難培養的微生物，經過基因組提取及PCR擴增，其基因片段也會呈指數式增加，大大提高了靈敏度和檢出率。

什麼情況下最好採用宏基因組測序？

宏基因組測序檢測感染性病原體具有良好的時效性，適用於住院患者發生病情進展較急的感染以及較難培養的細菌造成的感染。

正如前面提到的那樣，宏基因組測序檢測感染性病原體具有良好的時效性，適用於住院患者發生病情進展較急的感染以及較難培養的細菌造成的感染。在準確性和靈敏度上，該技術配合收錄有將近13000種已知基因組序列的微生物資料庫，對一些感染相關的疑難雜症有較好的鑑定效果，比如中樞神經系統感染、免疫缺陷相關感染、難治性結核、各類真菌感染疾病、各類面板膿瘡及厭氧菌感染等。

取樣注意事項

由於宏基因組測序技術的高靈敏性，特別要注意取樣過程中的汙染問題，會影響結果的解讀判斷。對於臨床醫生和護理人員需要注意不同樣本的採集要求，比如最重要的幾點：

01

取樣指徵：血流感染要在患者體溫升高時取樣。

02

取樣時間：樣本採集不能在使用抗生素之後，會降低檢出率，如果已經使用過抗生素，最好在下次使用前取樣。

03

取樣部位：肺部感染最好取肺泡灌洗液或深部痰液，取樣前漱口；膿腫標本需要表面清創後抽取或拭子擦取深部膿液，送檢感染的組織樣本不能浸泡福爾馬林等。

04

取樣容器：需要清潔乾燥可密封的容器，尤其注意血液樣本不能用肝素抗凝管。

原標題：《關注 | 助力精準診療，我院穩步推進未知病原體感染基因測序臨床應用》