乾貨!利用sgRNA文庫進行全基因組編輯的策略~

基因文庫是什麼

近年來，CRISPR-Cas9系統被不斷改進，已逐漸成為適用於各類生物基因編輯的強大工具。無論是在DNA水平上進行單鹼基編輯、小片段缺失、突變，還是在RNA水平上轉錄調控RNA、實現RNA干擾，或是基於表觀遺傳學調控DNA甲基化等各方面的研究，都給科研工作者帶來極大的便利。

CRISPR-Cas9 sgRNA文庫結合高通量篩選技術具有廣泛的應用，既可以在全基因組範圍篩選發現新靶點，還可以快速準確地找到與某種表型相關的基因或基因群。世界頂級期刊Cell、Nature、Science等競相持續報道，sgRNA文庫在藥物發現、基因功能研究、分子診斷、疾病治療、作物育種等領域均發揮了重要作用［1-3］。

泓迅科技CRISPR-Cas9

sgRNA文庫設計和構建

泓迅科技的CRISPR-Cas9平臺可提供一站式基因編輯解決方案，高效助力全基因組範圍內的基因編輯。我們的一站式服務主要包括sgRNA設計合成、文庫構建、NGS驗證、病毒包裝、生信分析等。

sgRNA文庫設計

合理、高效的sgRNA文庫設計是進行基因組/代謝通路編輯的重要前提。目前，泓迅科技已成功完成

200+

sgRNA文庫設計與構建，覆蓋了動物、植物、微生物中

20+

種模式物種。我們的設計型別包含敲除文庫、啟用文庫和干擾文庫等。客戶只需要提供物種的基因名稱/ID和設計需求，泓迅科技將為您定製化高質量、高編輯效率的sgRNA產品。

sgRNA文庫優勢顯著:

●應用範圍廣，不受基因序列、細胞和物種的限制

●可快速準確找到與某種表型相關的基因與基因群

●可用於全基因組範圍篩選，有利於新靶點發現

●編輯效果假陽性比率較低，靶點命中率高

sgRNA文庫構建

我們可根據客戶特定需求，針對全基因組/代謝通路設計併合成sgRNA序列（圖1），然後對sgRNA序列進行PCR擴增，將擴增後的sgRNA克隆到載體中構建sgRNA文庫，最後經過NGS測序驗證，交付庫容、正確率、覆蓋度、均一性等符合標準的sgRNA文庫。

圖1：sgRNA文庫構建流程

泓迅案例

基於豐富的sgRNA設計、合成經驗，泓迅科技的基因編輯專家團隊總結並制定了嚴格的文庫交付質量標準。我們對構建的各型別文庫嚴格質控、嚴肅把關，最終交付的文庫產品指標合格，如覆蓋倍數≥100×，正確率>70%，覆蓋度>95%，偏向性<10等。

交付質量舉例如下：

*sgRNA文庫庫容=稀釋比例*菌落數。

sgRNA文庫篩選

泓迅科技的定製化sgRNA文庫產品，可滿足客戶多樣化的高通量篩選需求（圖2）。如利用sgRNA文庫建立哺乳動物全基因組突變庫或與某類功能相關的基因突變體庫，透過功能性篩選、富集、PCR擴增和深度測序分析，可發掘並篩選出與表型相關的基因。

圖2：sgRNA文庫構建及篩選分析工作流程